Gökçeada' da müze bulunmamakatdır. Fakat kirlenmemiş ve bozulmamış doğasıyla Gökçeada bir deniz müzesi gibidir. Akdeniz ve Karadeniz arasındaki deniz canlılarının geçiş yolu üzerinde olduğu için ada civarında zengin balık yatakları bulunuyor. Birçok deniz canlısı bu bölgede üreme ve yumurtlama dönemlerini geçiriyor. Gökçeada civarında  koruma altına alınmış şu türlere de rastlanıyor: Akdeniz Foku Deniz Çayırları, Triton, Böcek, Pina, Yunuslar, İspermeçet Balinası, Deniz Kaplumbağası vb. gibi.

Türkiye'nin ilk ve tek sualtı milli parkı unvanına sahip "Gökçeada Sualtı Milli Parkı" bulunmaktadır. Türkiye Deniz Araştırmaları Vakfı (TÜDAV) tarafından 1999 yılında park ilan edilen alan, adanın kuzeydoğusunda, Kaleköy ve Kuzulimanı arasında yer alıyor. Kıyıdan 1 deniz mili uzunluğunda, denizden 200 metre açıklığında bir alanı kapsıyor. Yelkenkaya ile Çiftlik Koyu arasında yer alan, içerisinde su altı mağara girişleri de olan ve Akdeniz Foku dahil pek çok deniz canlısı için habitat olma özelliği taşıyan bir bölgedir.