Van Havalimanı'nda hava trafiğinin kontrolü; uluslararası havacılık kurallarına göre Van VOR merkezi Doğu, Kuzey ve Güney 25 mil, Batı 60 mil yarıçaplı dairesel sahada FL 200 yüksekliğe kadar tüm alanda hava trafiği kontrol sorumluluğundadır.

           Bu sahada uçuş emniyeti ve akışının temini amacıyla havalimanımıza bağlı ve 03 pist başına hizmet eden Localizer ile RNAW (uçak operasyonlarının referans alınan istasyonun seyrüsefer yardımcısı kapsamı dahilinde veya seyrüsefer yardımcısının kendi kapasite limitleri dahilinde veya bunların kombinasyonundan oluşan herhangi bir uçuş yolunda gerçekleştirilen bir seyrüsefer metodu olup, uzun veya orta menzilli yer istasyonlarından (VOR, DME, gibi) INS sisteminden veya GPS' ten aldığı girdileri değerlendirerek pilota seyrüsefer ile ilgili tüm bilgileri sağlayan bir bilgisayar sistemidir ) olmak üzere Van VOR, NDB, DME, istasyonuna konulmuş olan hava/yer ve yer/yer haberleşmesinde kullanılan telsizler ve seyrüsefer yardımcı sistemleriyle hizmet verilmektedir.

           Bununla birlikte hava trafik hizmetinde kullanılan VCS sesli haberleşme sistemi, AFTN (Awitech) otomatik mesaj alma / gönderme sistemi, meteorolojik koşullar hakkında bilgi veren AWOS, ATIS ve AIS Portal Sistemi ve trafikleri görsel izleme amaçlı radar monitör sistemi yer almaktadır