Müze ilk defa 1925 yılında II. Beyazıt Külliyesi`nin bir bölümü olan medrese binasında az sayıda arkeolojik eserler ile mumyaların bir araya getirilmesi sonucu Müze deposu olarak kurulmuştur.

Daha sonra eserlerin çoğalması ve teşhir edilecek yeni mekanlara ihtiyaç duyulması neticesinde 1962 yılında Selçuklu Dönemi Monumental yapılardan olan Gökmedrese`ye nakledilmiştir.

22 Mart 1977 yılında yeni yapılan bugünkü modern binasına taşınmış olup 14 Haziran 1980 tarihinde ziyarete açılmıştır.

Kalkolitik Çağ`dan itibaren Tunç Çağı,Hitit, Urartu, Frig, İskit, Pers, Hellenistik, Roma, Bizans, Selçuklu ve Osmanlı dönemlerine ait 12 aynı medeniyete ait Arkeolojik, Etnoğrafik, Sikke, mühür, El Yazması ve Mumyalar olmak üzere bugün itibari ile 23.476 eseri ile Hazeranlar Konağı ve Kral Kaya Mezarları Örenyeri ile birlikte üç birim halinde bölgenin en modern müzesi olarak ülkemiz kültür ve turizmine hizmet etmektedir.

Açık Hava Teşhiri (Bahçe)

Müze binasının batısında bulunan müze bahçesi içerisinde Hitit, Hellenistik, Roma, Bizans, İlhanlı, Selçuklu ve Osmanlı dönemlerine ait taş eserler teşhir edilmektedir.

Mumyalar

Müzemizdeki mumyalar,müze bahçesi içerisinde yer alan Selçuklu Sultanı I.Mesud `a ait türbede teşhir edilmektedir. Müzemizde sekiz adet mumya bulunmaktadır. İşbuğa Nuyin, Cumudar İzzettin Mehmet Pervane Bey, Cariyesi,kız ve erkek çocuklarına ait oldukları sanılmaktadır. 14.yy. İlhanlı`ların Anadolu'daki hakimiyetleri döneminde nazırlık ve emirlik yapmış şahsiyetlere aittir.

Müze Müdürlüğüne bağlı birim, Müze-Ev Etnoğrafya Müzesi olarak kullanılan Hazeranlar Konağı 1979 yılında Bakanlığımız,Anıtlar ve Müzeler Genel Müdürlüğü tarafından kamulaştırılarak restorasyonu yapılmıştır.

Hazeranlar Konağı teşhirinde toplam 984 Civarında Etnoğrafik eser kullanılmıştır. Bu eserler arasında 19.yy. yaşantısını yansıtan giysiler,halı ve kilimler,günlük konakta kullanılan mutfak eşyaları ve kadın ziynet eşyaları gibi malzemeler yer almaktadır.

Konak teşhirinde yer alan etnoğrafik eserler arasında, özellikle kitabeli olan halılar, bindallılar gümüş takılar ve altın renkli sırma işlemeler dönemin özelliklerini yansıtması açısından önem arz etmektedir. Konak bugünkü hali ile üst katlar Müze Ev,bodrum katı ise Güzel Sanatlar Galerisi olarak kullanılmaktadır. 

Yöreden derlenen Helenistik, Roma, Bizans, Şelçuklu, Osmanlı Dönemlerine ait arkeolojik ve etnoğrafik eserler ile sikkelerinden oluşan bir belde müzesidir. XIII. Yüzyıla tarihlenen ve kasabanın kuzeyindeki ören yerinden getirilerek teşhir edilen Selçuklu Dönemi`ne ait orijinal ahşap sanduka, türbe kapısı ile orijinal vakfiyesi ve seceresi de bulunmaktadır.